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生物質は、細菌による感染症の治療に使用しますが、真菌感染症に使うこともあります。ただし、抗生物質は、ウイルスに対しては効力をもちません。ほとんどの細菌は抗生物質に対して感受性をもっていますが、なかでも有効な抗生物質は、静菌性タイプではなく、殺菌性タイプです。抗生物質の選択は、細菌の種類と感染部位によって変わります。獣医師は、通常、幅広い種類の細菌または真菌に有効な「広域性抗生物質」を選びますが、より効果的な抗生物質を処方するために、検査機関に病原体の培養を依頼することもあります。犬の体表や体内には細菌および真菌が住みついており、犬に役立つものも数多くあります。ある抗生物質は肺炎の病原菌を退治する一方、消化管の有益な細菌も死滅させ、軟便や下痢を引き起こすことがあります。また、投与量が少なかったり投与期間が短すぎたりして、抗生物質がうまく効かないこともあります。感染部位が膿瘍内にあったり、死滅した観織に取り囲まれている場合には、投与経路（経口または注射）によっては、抗生物質が感染部位に到達できずに、効かないこともあります。なかには以前は有効であった抗生物質に抵抗性を示す細菌もあります。以上の理由から、抗生物質は慎重に使用しなければならず、獣医師の指示に従って、必要性が明らかな場合に限って、使用してください。
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