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理由ははっきりしませんが、獣医師が、免疫系の疾患と診断する犬が多くなっています。免疫系の疾患は、おもにアレルギーと自己免疫疾患の2つに分類されます（自己免疫疾患のなかには、“自己免疫”ではなく、”免疫関連性”と呼ばれるものもありますが、2つの用語に明確な区別はありません）。一部の特異的な免疫系の疾患については、発症する器官の項で詳しく述べていますが、きわめて重要なので、ここでも概略を記しておきます。アレルギー アレルギーでは、免疫系が非感染性物質に対して、過剰、不適切、不必要に応答します。自己免疫疾患 自己免疫疾患では、免疫系が侵入者に対してではなく、体（自己）の正常部位に破壊的なエネルギーを向け、また、赤血球、皮膚細胞、甲状腺細胞など、きわめて重要な組織に傷害や破壊を起こします。“免疫介在性”と呼ばれる疾患のなかには、抗原（外来性の物質または生物粒子）が抗体と結合したまま体内を循環し、血管壁など本来ならとどまるはずのない部位にとどまります。このような化合物（抗原抗体複合体または免疫複合体）によって、炎症や組織の傷害が起こります。
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